Die meisten Aufweckreaktionen führen aber nicht zum bewussten Aufwachen, sondern lediglich zu erhöhten Körperfunktionen, beispielsweise zu beschleunigtem Puls und der wiederholten Ausschüttung von Stresshormonen welche als ein körpereigenes Notfall-Überlebensprogramm zu werten sind. Hierdurch wird auch die normale Schlafphasenabfolge betroffen, so dass neben den somatischen Stressoren auch die Erholungs- und Regenerationsfunktion des Nachtschlafes teils erheblich gemindert wird. Da diese Reaktionen noch im Schlafzustand ablaufen, werden sie von den Betroffenen meist nicht bewusst wahrgenommen. Die Folge der Schlafapnoe ist eine chronische körperliche Belastung und nicht erholsamer Schlaf, was meistens zu der typischen, ausgeprägten Tagesmüdigkeit mit ihren weiteren Risiken führt.